De Ecologische Autoriteit stelt per advies een werkgroep samen met deskundigen met actuele ecologische kennis. Deskundigen moeten onafhankelijk zijn en niet betrokken bij het gebied of bij het opstellen van een plan voor een gebied. Zij worden op persoonlijke titel gevraagd. De deskundigen zijn wetenschappers of hebben jarenlange kennis van en praktijkervaring met gebiedsbeheer. Zo wordt ook de uitvoerbaarheid van bijvoorbeeld herstelmaatregelen goed bekeken en in het advies meegenomen.
Haar adviezen brengt de Ecologische Autoriteit uit aan het bevoegd gezag. Dit zijn in de eerste fase de ministeries van LNV en Defensie, Rijkswaterstaat, IPO en de provincies. Naast gevraagd advies kan de Ecologische Autoriteit ook ongevraagd advies uitbrengen.
De Ecologische Autoriteit beoordeelt of de juiste ecologische informatie gebruikt wordt bij de onderbouwing van plannen, zoals natuurdoelanalyses en gebiedsprogramma’s. Deze plannen zijn onderdeel van het Nationaal Programma Landelijk Gebied (NPLG).