De Ecologische Autoriteit beoordeelt of de juiste ecologische informatie beschikbaar is voor de onderbouwing van besluiten over beschermde natuur. Het gaat hierbij om besluiten over bijvoorbeeld natuurdoelanalyses en gebiedsprogramma’s. In een latere fase adviseert de Ecologische Autoriteit ook over wetenschappelijke inzichten voor besluiten over brede ecologische vraagstukken. Hierbij kijkt zij ook naar klimaat en abiotische randvoorwaarden, zoals bodem, water en atmosferische depositie.
De Ecologische Autoriteit toetst en brengt advies uit. Zij doet zelf geen onderzoek. Evenmin stelt zij wetten, regels of normen op. Ze neemt geen besluiten, maakt geen beleid en beoordeelt geen individuele vergunningsaanvragen.
De Ecologische Autoriteit is voor 8 jaar ingesteld door de minister van Natuur en Stikstof.